Edificada a partir da segunda metade do século XIII, provavelmente sobre o espaço da antiga mesquita, a igreja é em arenito vermelho, com planta em cruz latina e três naves, destacando-se a cabeceira tripartida com influências do estilo de Batalha. O portal em alfiz mostra detalhes tardo-góticos do século XV.
Nos séculos XVII e XVIII, recebeu renovações barrocas, incluindo a fachada principal, a torre sineira e a porta lateral rococó (1781). A capela-mor foi sepultura de D. João II até 1499. Foi sede do bispado até 1577, transferido para Faro, e no século XX passou por intervenção da DGEMN, valorizando o estilo gótico.
